中心有内设机构15个：党政办公室、纪委办公室（审计处）、人事处、财务处、出国事务处、护照签证处、回国人才交流处、来华事务处、国外事务处、国际合作处、创新创业服务处、国（境）外学历学位认证一处、国（境）外学历学位认证二处、留学人员档案管理处、信息网络处。

　　中心有两个下属企业，北京嘉华世达国际教育交流有限公司是中心全资企业，北京吟虹国际教育咨询有限公司是中心控股企业。